商標登録出願における意見書とは、特許庁の処分（主に拒絶理由通知）に対して意見、つまり反論や要望などを述べるための書面です。
拒絶理由通知が届いたときには審査官が指定した期間内にこの「意見書」を提出することができ、さらに、その反論が審査官から見て妥当なものであれば、拒絶理由が覆り、登録に至る場合があります。
反論のほか、手続補正書を提出して拒絶理由の原因となっていた指定商品や指定役務を削除したのに合わせて「他人の権利と重複している指定商品は削除しましたから、これで登録いけますよね！」という感じで、（手続補正書と）一緒に提出する場合もあります。
手続補正書と違い、意見書は特許庁の審査官と法律用語を使ってやりとりする専門的な文書なので、基本的に有料です。
